东京医科齿科大学的前身是东京公立高等牙科学校，该校成立于1928年，是日本第一所牙科教育机构。 此后，医学系于1944年成立，并成为东京医科牙科学院，并于1951年成为新的大学“东京医科牙科大学”，并一直延续至今。

2020年10月15日，东医齿被指定为“指定的国立大学法人“。

东医齿是四大大学联盟的成员，还是医疗系产学研合作网络协议会的干事。在《泰晤士报高等教育》 2021年世界大学排名中，它在全球排名365，在日本排名第15 。在2019年QS世界大学排名中，它在医学领域排名世界第51-100（日本排名第4），在牙科领域排名世界第10（日本排名第1）。